Одной из самых актуальных для сельской местности, проблем является повышенное содержание нитратов в воде шахтных колодцев. Это связано с незащищенностью верхних водоносных горизонтов, питающих шахтные колодцы, от бактериального и химического загрязнения. Кроме того, обнаружение повышенной концентрации нитратов может быть вызвано стесненным расположением частной застройки, активным ведением хозяйственной деятельности с широким использованием в сельском хозяйстве удобрений. Загрязнение воды колодцев нитратами возможно от негерметичных выгребов надворных туалетов, септиков, от сараев для содержания домашнего скота, компостных ям и т.д.