Государственное учреждение «Минский зональный ЦГиЭ» при осуществлении деятельности руководствуется «Общими санитарно-эпидемиологическими требованиями к содержанию и эксплуатации капитальных строений (зданий, сооружений), изолированных помещений и иных объектов, принадлежащих субъектам хозяйствования», утвержденных декретом Президента Республики Беларусь № 7 от 23.11.2017, санитарными нормами и правилами  и техническими регламентами Таможенного союза.